本局隸屬於連江縣政府，並受內政部警政署之指揮監督，掌管轄內警衛事宜，目前現有編制為局長1人、副局長1人，主任
秘書1人，下設行政課(兼戶口、安檢、外事、保防)、保安民防課（兼資訊）、督察室(兼政風、訓練)、秘書室、(兼公關、
法制、諮商)、人事室、會計室等，並設勤務指揮中心、刑事警察隊、保安警察隊（兼交通），外轄南竿、北竿、莒光及東
引等4個警察所，西區及東莒派出所等2個派出所，另設後勤課任務編組，編制員額為124人。